Le Cahier de la Mort. Il suffit d'y apposer le nom de la personne à châtier et d'avoir en tête son visage pour que cette dernière meure d'une crise cardiaque. Quand ce cahier tombe entre les mains de Light, brillant lycéen au tempérament assez taciturne, il décide d'exploiter le Death Note pour appliquer sa propre justice et devenir l'égal de la mort.
Ainsi, Ligth note soigneusement les noms des meurtriers les plus recherchés par la police, restés impunis jusqu'à présent. Cette vague de morts mystérieuses alerte Interpol, qui, dépassé par la situation, confie l'affaire à Lind L. Tailor, plus communément appelé L. Personne ne connaît son véritable nom, ni son visage, mais il résout n'importe quelle affaire, même celles où la mort est impliquée.
Une traque infernale s'engage alors entre les deux hommes, sous le regard amusé de Ryûk, le Dieu de la mort à l'origine de ce carnage.
Ryuuku est un shinigami (Dieu de la mort) qui s'ennuie dans son monde. Pour se divertir, il laisse tomber dans le monde des humains son death note (carnet de la mort).
Light Yagami en devient le propriétaire en le ramassant, c'est un jeune lycéen de dix-sept ans plus que doué. Le death note entre les mains, il souhaite créer un monde comme il l'entend. Mais tous ne sont pas du même avis. Commence un combat d'intelligence entre Light et L. Qui sortira vainqueur de ce duel ?
L'histoire se déroule un an après le premier film. On y suit les deux survivants rentrer chez eux et tenter d'alerter l'opinion publique sur ce qui s'est passé sur l'île. Leurs déclarations provoquent un chaos sur tout le pays, violemment réprimé par le pouvoir militaire. Ce dernier décide alors de faire participer les deux opposants à la deuxième session de Battle Royale en compagnie d'une classe beaucoup moins tendre que la précédente.
Dans un avenir proche, les élèves de la classe B de 3ème du collège Shiroiwa ont été amenés sur une île déserte par une armée mystérieuse. Un adulte surgit tout à coup devant eux : leur ancien professeur Kitano. Il leur annonce qu'ils vont participer à un jeu de massacre dont la règle consiste à s'entretuer. Seul le dernier des survivants pourra regagner son foyer.
Kitano leur présente deux nouveaux élèves très inquiétants. Des coups de feu retentissent pour convaincre les incrédules. Selon la loi de réforme de l'éducation pour le nouveau siècle, ce sacrifice permettra de former des adultes sains.
Abandonnés chacun à son sort avec de la nourriture et une arme, les adolescents disposent d'un délai de trois jours pour s'entretuer.